鎌倉時代後期、日蓮聖人を信仰した豪士関小次郎長耀が、聖人自刻の像を本尊として建立し、聖人の弟子日源上人によって開創されたのが天王寺の前身長耀山感応寺です。 開創の事情については、1648年（慶安1）に第9世日長上人が書かれた『長耀山感応寺尊重院縁起』が残っている唯一の資料で、現在書庫に保管されています。 開創以後日耀上人が中興されるまでの歴史はほとんどわかりません

本堂

感応寺が日蓮宗であったのは当然なのですが、早くからその中の不受不施派に属していました。 江戸幕府はそれは邪宗であるとして弾圧を加えました。日蓮宗第15世日遼上人の時、1698年（元禄11）強制的に改宗され、14世日饒・15世日遼は共に八丈島に遠島になりました。
廃寺になることを惜しまれた輪王寺宮公弁法親王（赤穂47士の助命について長い将来の義士の名声を慮った処置を取られたことで有名）が、寺の存続を望まれ、慶運大僧正を天台宗第1世として迎えました。

本尊阿弥陀仏（室町時代）

1833年（天保4）、中山法華経寺の子院智泉院の日啓やその娘で大奥の女中であったお美代の方などが、林肥後守・美濃部筑前守・中野碩翁らを動かし、感応寺を再び日蓮宗とさせる運動がありました。 しかし輪王寺宮舜仁法親王のおはからいで、日蓮宗帰宗の件は中止となり、長耀山感応寺を護国山天王寺と改号するよう仰せ付けられました。
その結果、雑司ヶ谷鼠山に日蓮宗の感応寺を名乗る大伽藍が建てられましたが、1841年（天保12）将軍徳川家斉公の逝去と共にお美代の方らの一類は追われ、鼠山感応寺も取りつぶされました。

『東都歳事記』富くじの図

富くじは寺社の維持の費用を生み出すために江戸幕府が許可したものですが、京都鞍馬寺では早くから興行していたようです。 鞍馬寺の趣旨を移した天王寺でも毘沙門天をお祀りすると同時に、富くじ興行が許されました。 その後目黒不動や湯島天神も加わって「江戸の三富」といわれました。 のち多くの寺社で興行するようになって1728年（享保13）全面的に停止されました。天王寺だけはその後も興行を許されていましたが、1842年（天保13）再び禁令が出て停止となりました。
1823年（文政6）の大きな板額（富の規定を書いたもの）と『富興行一件記』3冊の記録が保存されています。

毘沙門堂

1868年（慶応4）2月、15代将軍慶喜公は東叡山大慈院で謹慎していましたが、4月水戸に退去しました。 その後彰義隊が上野山内にたてこもり、官軍との戦争が始まり、新黒門から始まって諸門は間もなく官軍に破られ東叡山は焦土と化しました。
天王寺には小川椙太の率いる天王寺組が派遣されて、天王寺も戦場となり、上野の火災とほとんど同時に天王寺も五重塔と本坊とを残して全焼しました。

毘沙門天

四天王の一つ毘沙門天はまた多聞天ともいいますが、仏法守護の天王であるばかりでなく、祈る者に十種福を授けるといわれます。
鞍馬寺の毘沙門天は比叡山の北方に位置して、比叡山の仏法を守護しております。 東叡山は東国の比叡山の意味で、比叡山が皇居の東北にあたると同様、東叡山は江戸城の東北にあり、琵琶湖をまねて不忍池があるように、すべて似せてありますが、天王寺は鞍馬寺にあたる寺として、比叡山飯室谷の円乗院から毘沙門天の木像をお迎えして本尊とし、東叡山の仏法守護寺といたしました。 この木像は、伝教大師のお作と伝えていますが、藤原期のもので、文化財としても優れています。古くから谷中七福神の一つとして信仰され、現在毎月3日に護摩供を奉修しています。

ありし日の五重塔

1957年（昭和32）7月6日に炎上した五重塔は、幸田露伴の傑作『五重塔』のモデルとして有名でしたが、この塔は1791年（寛政3）に再建されたもので、総高34mの欅造りで、棟梁八田清兵衛の建造になり、1864年（元治1）大修理がされました。 それ以前、1772年（安永1）の江戸の大火で本堂・庫裡もろともに塔も類焼しました。
最初の塔は、1644年（寛永21）に日長上人が建てたものです。 焼跡の礎石の下から出た舎利塔や写経は、東京国立博物館を経て現在は天王寺に所蔵されています。
現在跡地は交番と公園になっています。